多組信號輸出編碼器是指同時輸出相當于兩個編碼器（或者更多）信號的編碼器，從而可以實現一些特別的應用要求。
一、雙增量信號輸出：
1． 位置環(huán)與速度環(huán)的雙閉環(huán)控制：運動控制系統以一個編碼器同時做為位置環(huán)和速度環(huán)的反饋。
2． 速度監(jiān)控保護：第二組信號做為超速、失速的監(jiān)控保護。
以上2種編碼器內部或用兩個碼盤兩組光學感應（可做到分辨率不同），或者一個碼盤分兩組信號輸出。
3． 一組高分辨率的增量信號，一組較低分辨率的增量信號：
在高精度的控制系統中，需用到高分辨率的編碼器，但高分辨率編碼器在高速度的運行中，由于信號的高密度，無論是自身輸出信號的電氣響應，還是接受設備的響應都無法跟上，從而限制了系統高精又高速的要求，而較低分辨率的信號可以就滿足高速時的測量反饋。在啟動與減速定位過程中，選用高分辨率的信號；而在加速、高速過程中選用較低分辨率的信號，兩組信號的位置疊加。而此種雙輸出的編碼器就是高速，同時高精運動控制的解決方案。這種應用要求一樣出現在光柵尺上。
二．增量信號+速度開關輸出：
內部第二組增量信號經智能化計算，設定速度開關預設值，可快速直接輸出速度開關信號，以實現超速、失速的快速保護。
三．絕對值編碼器與增量編碼器信號雙輸出：
絕對位置環(huán)與增量速度環(huán)的雙閉環(huán)控制。絕對值編碼器大部分用在位置閉環(huán)控制，無需開機找零，無積累偏差，并可抗干擾。有的控制需要同時提供速度反饋控制，用位置環(huán)微分效果不好，可選用絕對值信號與增量信號雙輸出的型號，實現絕對位置閉環(huán)與增量速度閉環(huán)各自獨立(或冗余)。
四．絕對值編碼器+增量速度開關輸出：
絕對值編碼器+速度開關保護。此種編碼器同時提供了一組SSI絕對值位置信號，并內部增量信號智能（可設定）測速，輸出快速速度開關保護，在測量絕對位置的同時，對于超速、失速可以不通過位置環(huán)的微分，而直接提過快速反應、保護。
五．絕對值編碼器+雙增量信號的三輸出：
絕對值編碼器信號+高分辨率增量信號+較低分辨率增量信號三輸出：此種編碼器提供一組絕對值的信號（例如SSI13位），做為開機位置檢測、減速定位前絕對位置確定；同時提供超高分辨率的增量信號（例如19位）A/B，做為啟動、加速及停機定位的超高精度定位，同時提供較低分辨率的增量信號（例如2048PPR）A/B，做為速度閉環(huán)。由于超高精度的絕對值編碼器很貴，且很難獲得，而高分辨率的增量編碼器在停電位置記憶及高速響應的困難，由于絕對值信號源至于碼盤的絕對位置，高速時信號并不會丟失，此種編碼器提供了解決方案。例如同時要求高精、高速、多軸聯動、同步的場合。
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